Romano di nascita, ma figlio di padre goto, fu eletto papa il 16 ottobre dell'anno 530, da una parte del clero, del Senato e del popolo, radunati nella basilica di Costantino. Ma in quello stesso giorno un'altra parte del clero fece consacrare Dioscoro, dando origine così ad un nuovo scisma, che non durò molto, poiché Dioscoro morì. Bonifacio II tenne due concili ai quali non è attribuita alcuna importanza e morì due anni dopo la sua elezione.