Nativo di Palermo, Agatone fu eletto e consacrato nel 678. D'accordo con l'imperatore Costantino Pogonato, fece condannare i Monoteliti dal settimo concilio generale, terzo di Costantinopoli (680-681) e scagliò l'anatema contro quegli eretici, fra i quali veniva annoverato anche il papa Onorio I, morto circa quarant'anni prima. Papa Agatone riuscì inoltre a liberare il papato dal tributo che doveva pagare all'imperatore di Costantinopoli. Cessò di vivere il 10 gennaio 682