Di Gaeta, della famiglia Gaetani, appena eletto ebbe a soffrire delle ire di Cencio Frangipane, che lo fece prigioniero. Poté sfuggire e fu consacrato a Gaeta, mentre l'imperatore Enrico V favoriva l'antipapa Gregorio VIII, che lo incoronò. Ritornò Gelasio in Roma, con l'aiuto dei Normanni, ma di nuovo minacciato dai Frangipani, dovette riparare in Francia, dove morì nel monastero di Cluny.
Sepolto a Cluny, abbazia.