Dopo un conclave durato oltre cinque mesi, venne eletto papa il cardinale arcivescovo di Napoli, Antonio Pignatelli, di quella città, che assunse il nome d'Innocenzo XII. Egli provvide a riordinare le finanze, fu austero, generoso, avverso al «nepotismo»; continuò e condusse a termine le trattative iniziate dal suo predecessore per la riappacificazione con la Corte di Francia. Patrocinò le missioni in Cina e nel Giappone e il riscatto degli schiavi.
Sepolto a Roma, San Pietro.