Nell'anno 1999 Giovanni Paolo II decise, in preparazione del Giubileo dell'anno 2000, di istituire una commissione "Nuovi Martiri", che avrebbe dovuto indagare sui martiri cristiani del Ventesimo secolo. La commissione, coordinata da Andrea Riccardi, fondatore della Comunità di Sant'Egidio, ha lavorato due anni nei locali della Basilica di San Bartolomeo raccogliendo circa 12.000 dossier di martiri e testimoni della fede giunti da diocesi d tutto il mondo. Passato il Giubileo, Giovanni Paolo II volle che questa memoria dei testimoni della fede del Novecento potesse divenire qualcosa di visibile nella Basilica di San Bartolomeo. Il 12 Ottobre 2002, con una celebrazione ecumenica presieduta dal Cardinale Camillo Ruini e dal Patriarca Ortodosso rumeno Teoctist, l'icona dei testimoni della fede del XX secolo fu posta solennemente sull'altare maggiore e benedetta. In quella occasione furono anche collocate croci e memorie cristiane nelle sei cappelle laterali, dedicate ai diversi contesti storici e geografici in cui i testimoni della fede hanno vissuto. Nella prima cappella della navata destra della Basilica sono ricordati i testimoni della fede dell'Asia, dell'Oceania e del Medio Oriente; nella cappella successiva si ricordano i testimoni della fede delle Americhe; nell'ultima cappella della navata di destra si ricordano i testimoni della fede uccisi nei regimi comunisti. Nella navata di sinistra, la prima cappella è dedicata ai testimoni della fede in Africa; nella cappella successiva sono ricordati i testimoni della fede di Spagna e Messico; l'ultima è la cappella dei testimoni della fede uccisi sotto il regime nazista.
Nelle sei cappelle laterali sono collocate croci e memorie cristiane, dedicate ai diversi contesti storici e geografici in cui i testimoni della fede hanno vissuto. Nella prima cappella della navata destra della Basilica sono ricordati i testimoni della fede dell'Asia, dell'Oceania e del Medio Oriente; nella cappella successiva si ricordano i testimoni della fede delle Americhe; nell'ultima cappella della navata di destra si ricordano i testimoni della fede uccisi nei regimi comunisti. Nella navata di sinistra, la prima cappella è dedicata ai testimoni della fede in Africa; nella cappella successiva sono ricordati i testimoni della fede di Spagna e Messico; l'ultima è la cappella dei testimoni della fede uccisi sotto il regime nazista.
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