Eugenio, arciprete di S. Sabina di Roma, fu eletto papa il 5 giugno 825, e la sua elezione venne turbata dall'antipapa Zizimo, che era sostenuto dai patrizi. Lodovico il Pio mandò a Roma Lotario con l'incarico di far cessare lo scisma, e Zizimo fu costretto a ritirarsi. Per prevenire altri scandali dello stesso genere, Eugenio II decretò che alla sua consacrazione del papa dovessero assistere i legati imperiali, e costrinsero il clero romano a giurar fedeltà a Lodovico e a Lotario, con promessa di osservare il decreto. Restituì ai loro proprietari molte terre ingiustamente confiscate dalla Chiesa, e morì nellìagosto del 827.
Alcuni storici attribuiscono a lui l'istituzione della «prova dell'acqua fredda», la quale consisteva nel gettare gli accusati nell'acqua benedetta ed esorcizzata. Se andavano a fondo, erano ritenuti innocenti, colpevoli invece se galleggiavano. Tale mezzo di giudizio fu stigmatizzato e abolito dal concilio di Laterano indetto da papa Innocenzo III