Fu eletto nell'855, ma prima di essere consacrato vide eleggere da un numeroso partito il prete Anastasio, deposto da papa Leone IV nell'853. Questo scisma durò pochi mesi soltanto, quantunque l'imperatore Lotario proteggesse Anastasio.
La maggioranza del popolo e del clero sostenne l'elezione di Benedetto, molto amato per le sue virtù e la consacrazione di lui non tardò ad essere un fatto compiuto.
I meriti non comuni di questo pontefice diedero alla Santa Sede tale prestigio, che Roma vide allora il pellegrinaggio del re anglo Etelulfo, l'ambasciata dell'imperatore d'Oriente Michele III, gl'inviati degli Abati della Gallia, ecc