Figlio naturale di Marozia e di papa Sergio III, o, secondo altri, di Alberico duca di Spoleto, fu eletto per influenza della madre, che poi lo tenne rinchiuso, permettendogli soltanto di presiedere a qualche cerimonia. Morto Guido di Toscana, Marozia aveva sposato Ugo, re d'Italia. Questi osteggiava Alberigo, altro figlio di Marozia, il quale obbligò Ugo a fuggire da Roma e rinchiuse Marozia e Giovanni XI in Castel Sant'Angelo. Da allora è oscuro quanto avvenne di questo papa. Alcuni affermano che morì vittima del fratello. Durante la sua prigionia, dei sacerdoti romani si recarono a Costantinopoli col titolo di legati, ma senza missione canonica, e riconobbero il patriarca Teofilatte.