Eletto nel 946, Agapito II chiamò in Italia Ottone di Germania contro Berengario II, che voleva farsi re d'Italia, e convocò il sinodo di Ingelheim per far cessare i dissidi fra Luigi d'Oltremare e il conte Ugo. Si adoperò in ogni modo per liberare dall'avvilimento Roma e il papato, su cui dominavano da sessant'anni Teodora la Grande e le sue due figlie Teodora la Giovane e Marusia. L'appoggio che ottenne da Ottone il Grande l'aiutò nella sua impresa.
Morì a Roma nel 956.