Successe ad Onorio II, ma la minoranza dei cardinali gli contrappose Pietro di Leone, antipapa sotto il nome di Anacleto II, ed egli dovette lasciare Roma, rifugiandosi in Francia presso Luigi il Grosso, indi a Liegi presso il re Lotario III, che lo ricondusse a Roma (1132) e lo rimise sul trono, ottenendo in compenso la corona imperiale. Partito Lotario prevalse ancora la fazione dell'antipapa, e Innocenzo II fu costretto a ritirarsi a Pisa, dove rimase fino alla morte di anacleto (1138) e alla sottomissione del nuovo antipapa Vittore IV, colla quale cessò quello scisma. Nell'anno seguente, il pontefice convocò il secondo concilio ecumenico di Laterano, nel quale condannò le dottrine di Abelardo e di Arnaldo da Brescia e scomunicò Ruggero re di Sicilia. Questi gli mosse guerra, lo sconfisse, lo fece prigioniero e si fece confermare nel titolo di re. Tornato a Roma, Innocenzo II, ebbe un litigio con Luigi VII, re di Francia, che aveva rifiutato di accettare come arcivescovo di Bourges Pietro di La Chastre. Mise allora la Francia in interdetto (1141) e così il re si vide obbligato a sottomettersi. Innocenzo II, verso la fine dei suoi giorni, vide scoppiare in Roma la famosa rivoluzione nella quale il popolo vincitore riportò il Senato in Campidoglio.
Morì mentre durava ancora la guerra civile.
Sepolto a Roma, Santa Maria in Trastevere.